Visi
Terwujudnya peserta didik yang berakhlakul karimah berlandaskan iman dan taqwa (IMTAQ), berprestasi, terampil dalam ilmu pengetahuan dan teknologi (IPTEK).
Misi
1. Mewujudkan pembelajaran dan pembiasaan dalam mempelajari Al-Qurán dan Hadits serta menjadikannya sebagai pedoman hidup dalam kehidupan sehari-hari berlandaskan religius, jujur, disiplin, dan kreatif.
2. Menumbuhkembangkan budaya akhlakul karimah pada seluruh warga madrasah dengan berlandaskan nilai religius, jujur, disiplin, dan kreatif.
3. Menyelenggarakan pendidikan dengan pembelajaran profesional dan bermakna yang menumbuhkembangkan dan mengembangkan peserta didik dengan nilai ujian madrasah di atas rata-rata dengan landasarn religius, jujur, disiplin, dan kreatif.
4. Menyelenggarakan program bimbingan secara efektif untuk menggali dan menumbuhkembangkan minat, bakat peserta didik yang berpotensi agar dapat berkembang secara optimal yang religius, jujur, disiplin, dan kreatif.
5. Meningkatkan pengetahuan dan teknologi serta profesionalisme tenaga kependidikan sesuai dengan perkembangan dunia pendidikan yang berlandaskan religius, jujur, disiplin, dan kreatif.
6. Melaksanakan pembelajaran ekstrakurikuler secara efektif sesuai bakat dan minat sehingga setiap peserta didik memiliki keunggulan dalam berbagai apel, olahraga dan seni dengan landasan nilai religius, jujur, disiplin, dan kreatif.
7. Menjadikan Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Banjarnegara sebagai lembaga pendidikan yang religius, jujur, disiplin, dan kreatif dan berperan dalam masyarakat.